Emitir nota fiscal é uma das principais dúvidas de quem atua como fisioterapeuta, principalmente depois de abrir o CNPJ. Seja você autônomo, dono de clínica ou prestador de serviços domiciliares, a emissão correta da Nota Fiscal de Serviços Eletrônica (NFS-e) é obrigatória por lei e garante segurança jurídica e contábil.
Neste guia completo, você vai aprender:
✅ Quem deve emitir nota fiscal;
✅ Quais impostos incidem sobre a nota;
✅ Como funciona o processo na cidade de São Paulo;
✅ Passo a passo para emitir NFS-e pela Prefeitura;
✅ Como evitar erros e multas.
Por Que Fisioterapeutas Devem Emitir Nota Fiscal?
Se você presta serviços de fisioterapia como empresa ou profissional autônomo, a emissão de nota fiscal não é opcional: é obrigatória.
Benefícios de emitir nota fiscal:
✅ Comprova receita legalizada;
✅ Garante validade jurídica dos serviços prestados;
✅ Facilita o recebimento de convênios e empresas;
✅ Reduz risco de autuação pela Receita Federal e Prefeitura;
✅ Permite deduzir despesas e impostos corretamente.
📌 Importante:
Apenas fisioterapeutas devidamente registrados no CREFITO e com CNPJ ativo podem emitir NFS-e como pessoa jurídica.
Quem Está Obrigado a Emitir Nota Fiscal?
Em São Paulo, são obrigados a emitir Nota Fiscal de Serviços Eletrônica:
✅ Empresas enquadradas no Simples Nacional (ME ou LTDA);
✅ Profissionais autônomos com inscrição municipal;
✅ Profissionais liberais que prestam serviços para pessoas jurídicas.
Se você atende exclusivamente pessoas físicas como autônomo, deve emitir o RPA (Recibo de Pagamento Autônomo), que tem retenções diferentes.
Por isso, é fundamental definir corretamente se você atua como:
🔹 Pessoa Jurídica (empresa) ➜ Emissão de NFS-e;
🔹 Autônomo (pessoa física) ➜ Emissão de RPA.
Quais Impostos Incidem na Nota Fiscal?
Ao emitir a nota, alguns tributos podem incidir, dependendo do seu regime tributário:
No Simples Nacional:
- ISS – Imposto Sobre Serviços (alíquota entre 2% e 5%, dependendo da atividade e município).
- O restante dos tributos já estão inclusos no DAS pago mensalmente.
Importante: No Simples Nacional, você NÃO precisa reter PIS, Cofins, CSLL e IRRF na emissão da nota.
Se for autônomo:
- ISS – retido pelo tomador (empresa) no pagamento.
- INSS – descontado no RPA.
- IRRF – descontado conforme tabela progressiva.
Por isso, emitir a NFS-e como empresa simplifica bastante a gestão tributária.
Como Funciona a Emissão de NFS-e em São Paulo?
A Prefeitura de São Paulo possui um portal exclusivo:
🌐 Nota do Tomador/Prestador: nfe.prefeitura.sp.gov.br
Por lá, você vai:
✅ Cadastrar a empresa como prestadora de serviços;
✅ Configurar o serviço de fisioterapia;
✅ Emitir a nota fiscal eletrônica;
✅ Gerar relatórios mensais.
Passo a Passo para Emitir Nota Fiscal de Serviços em São Paulo
A seguir, veja um guia detalhado:
1. Regularize o CNPJ e Inscrição Municipal
Antes de emitir notas, você precisa:
✅ Abrir seu CNPJ como ME ou LTDA;
✅ Fazer inscrição municipal na Prefeitura;
✅ Obter alvará de funcionamento ou autorização especial (caso atenda a domicílio);
✅ Registrar a empresa no CREFITO.
Esse processo deve ser conduzido por um contador.
2. Solicite Acesso ao Sistema NFS-e
No site da Prefeitura:
1️⃣ Acesse nfe.prefeitura.sp.gov.br;
2️⃣ Clique em “Acesso ao Sistema”;
3️⃣ Cadastre o responsável legal e vincule o CNPJ;
4️⃣ Crie login e senha de acesso;
5️⃣ Ative o ambiente de produção.
3. Configure Dados da Empresa e CNAE
Na primeira configuração:
✅ Informe dados cadastrais da empresa;
✅ Defina o CNAE correto (por exemplo, 8690-9/01 – Atividades de Atendimento Ambulatorial Exceto Consultório);
✅ Informe alíquota do ISS (em São Paulo, normalmente 2%);
✅ Indique regime tributário (Simples Nacional).
4. Gere e Emita a NFS-e
Para emitir cada nota:
1️⃣ Acesse o menu “Emissão de Nota Fiscal”;
2️⃣ Informe o tomador do serviço (CPF ou CNPJ);
3️⃣ Descreva detalhadamente o serviço prestado;
4️⃣ Informe o valor total;
5️⃣ Confira retenções automáticas (se aplicável);
6️⃣ Clique em “Emitir” e gere o PDF.
A nota fiscal tem validade jurídica e pode ser enviada ao cliente imediatamente.
5. Armazene e Controle Suas Notas
Por lei, é obrigatório manter o controle de todas as notas emitidas por 5 anos.
A maioria das contabilidades online faz esse acompanhamento automaticamente, gerando relatórios mensais e anuais.
Erros Comuns na Emissão de NFS-e
⚠️ Atenção a estas falhas frequentes:
❌ Usar CNAE incorreto;
❌ Não informar regime tributário correto (Simples Nacional);
❌ Não lançar ISS devido;
❌ Omitir notas fiscais;
❌ Atrasar envio de declaração anual.
Evitar esses erros garante tranquilidade fiscal e evita multas.
O Que Fazer se Atender Fora do Município?
Se você prestar serviços fora de São Paulo (por exemplo, em outra cidade), deve emitir a NFS-e normalmente pelo seu município de registro e recolher ISS em São Paulo, salvo exceções previstas em lei.
Precisa de Certificado Digital?
Sim, a maioria dos municípios exige Certificado Digital e-CNPJ padrão ICP-Brasil.
Ele garante autenticidade e validade jurídica das notas fiscais emitidas.
Como Declarar a Receita das Notas?
Se você é optante do Simples Nacional:
✅ O valor total das notas entra na Receita Bruta Mensal;
✅ A contabilidade vai apurar o DAS considerando o faturamento;
✅ ISS já estará incluído na guia única.
Se for autônomo:
✅ Receita declarada no carnê-leão;
✅ Impostos retidos informados mensalmente.
Vantagens de Emitir NFS-e
✅ Regularidade com Receita Federal e Prefeitura;
✅ Facilidade na comprovação de renda;
✅ Credibilidade perante convênios e empresas;
✅ Base de cálculo correta para Fator R e redução de impostos.
Contabilidade Online para Fisioterapeutas
Hoje, você pode terceirizar toda a gestão fiscal e contábil por uma contabilidade online especializada, que vai:
✅ Emitir NFS-e no seu lugar (se autorizado);
✅ Calcular DAS mensal;
✅ Acompanhar seu Fator R;
✅ Orientar sobre emissão de pró-labore e folha de pagamento;
✅ Fazer todas as declarações obrigatórias.
Se você busca agilidade e economia, conheça a contabilidade online para fisioterapeutas.
Perguntas Frequentes
1. Todo fisioterapeuta precisa emitir nota fiscal?
✅ Sim, sempre que prestar serviços a empresas ou pessoas físicas que solicitarem.
2. Se eu não emitir nota fiscal, o que acontece?
Você pode sofrer:
- Multas fiscais;
- Glosa de pagamento por convênios;
- Problemas com Receita e Prefeitura.
3. Posso emitir nota fiscal manual?
❌ Não. Em São Paulo, a emissão é exclusivamente eletrônica.
4. Como definir o ISS?
A alíquota padrão em São Paulo é 2%, mas é necessário confirmar com seu contador.
5. Atendo a domicílio, preciso de alvará?
Sim. Há possibilidade de autorização especial. Consulte seu contador.
Conclusão
A emissão correta de nota fiscal é um passo essencial para atuar com profissionalismo e tranquilidade.
Se você ainda não tem CNPJ ou precisa de suporte para emitir suas NFS-e sem erros, conte com quem entende seu segmento.
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